潔凈室的循環(huán)送風(fēng)是通過(guò)高效（亞高效）過(guò)濾器過(guò)濾后進(jìn)入無(wú)塵潔凈室內(nèi)的，可以視為無(wú)菌空氣，但這一過(guò)程并沒(méi)有殺菌作用。只要室內(nèi)有人員的活動(dòng)就可能產(chǎn)生塵菌，人的皮膚由于新陳代謝會(huì)不斷脫落皮屑，這可為微生物生存和繁殖提供營(yíng)養(yǎng)源，在適宜的溫濕度條件下，會(huì)使微生物迅速繁殖。潔凈室最有效除菌方法是采用凈化空調(diào)系統(tǒng)，但是凈化空調(diào)系統(tǒng)不能提供潔凈室內(nèi)的起始無(wú)菌狀態(tài)，用消毒滅菌的方法可彌補(bǔ)這一缺陷。因此，每間潔凈室都應(yīng)該有完善的消毒滅菌制度，以保證室內(nèi)的潔凈無(wú)菌環(huán)境。

醫(yī)藥、生物、食品、醫(yī)院等無(wú)塵潔凈室對(duì)塵菌控制要求更為嚴(yán)格，這些行業(yè)和場(chǎng)所應(yīng)用無(wú)塵潔凈室可設(shè)計(jì)安裝消毒滅菌設(shè)備進(jìn)行殺菌，如紫外線(xiàn)燈照射，臭氧滅菌等。根據(jù)潔凈室使用特點(diǎn)來(lái)確定消毒滅菌方法和周期，有的需要每日消毒，而有的潔凈室每周消毒一次即可。

紫外線(xiàn)滅菌燈照射，屬于電磁輻射消毒法。影響紫外線(xiàn)殺菌的主要因素有：1. 燈管使用時(shí)間：一般使用時(shí)間為1000H，定期用儀器檢測(cè)燈管的輸出強(qiáng)度，新燈管紫外線(xiàn)強(qiáng)度大于 90UW/CM2, 當(dāng)燈管紫外線(xiàn)強(qiáng)度低于70UW/CM2，應(yīng)予更換。2.環(huán)境溫濕度：適宜溫度為 20℃ ，一般相對(duì)濕度在40%-60%紫外線(xiàn)殺菌效果最好，當(dāng)環(huán)境濕度高于80%，對(duì)紫外線(xiàn)燈除菌影響較大，甚至對(duì)細(xì)菌有激活作用。3 照射距離：照射距離與滅菌效果成反比關(guān)系，在距燈管中心近距離范圍內(nèi)，照射強(qiáng)度與距離成反比。4. 紫外線(xiàn)只能對(duì)靜止的物體有滅菌作用，對(duì)流動(dòng)空氣的意義不大，在組合式凈化空調(diào)機(jī)組停運(yùn)時(shí)，紫外線(xiàn)照射也可以作為機(jī)組消毒的一種手段。

臭氧殺菌，臭氧在常溫下是強(qiáng)氧化氣體，也是一種廣譜殺菌劑?？梢杂糜跉缂?xì)菌及其芽孢、病毒及真菌，也被廣泛用于潔凈室內(nèi)部殺菌。由于臭氧是極不穩(wěn)定的氣體，在常溫下會(huì)自行分解成氧氣，故不能儲(chǔ)存。一般都是通過(guò)臭氧發(fā)生器現(xiàn)場(chǎng)制備，臭氧為強(qiáng)氧化劑，其殺菌能力極強(qiáng)，對(duì)人體及室內(nèi)某些物體也有損害，所以使用高濃度臭氧殺菌，只能在房間無(wú)人狀態(tài)進(jìn)行，殺菌結(jié)束30 分鐘以后才允許人員進(jìn)入。