潔凈室設(shè)計時，針對不用的潔凈等級和溫濕度要求，設(shè)計人員要計算凈化空調(diào)負荷來進行凈化機組的選型。這里的空調(diào)負荷一般包括夏季冷負荷與冬季熱負荷。有人認為潔凈室的空調(diào)負荷計算方法與一般空調(diào)負荷的計算方法相同，其實，是有許多區(qū)別的。

       許多設(shè)計參考材料中推薦的負荷估算指標，在工程實踐中發(fā)現(xiàn)，這些估算指標比實際負荷是大很多的。 對于一些沒有經(jīng)驗的設(shè)計人員，也許會受到估算指標的影響而不相信自己的計算數(shù)據(jù)，進而加大安全閾值量，或者干脆套用估算指標，這是非常不利的。 許多制藥企業(yè)，他們的潔凈室設(shè)計依照GMP規(guī)范嚴謹建造的，但常常感嘆凈化空調(diào)系統(tǒng)能耗太大了，難道是凈化空調(diào)系統(tǒng)的錯誤嗎？有學者發(fā)現(xiàn)，潔凈空調(diào)系統(tǒng)無論是冷負荷還是送風量都是層層加碼，導致機組、水泵、風機等容量偏大很多，有不少空調(diào)用戶在最熱月，實際用冷量是設(shè)計冷量的1/2 ~ 3/5 。凈化空調(diào)比一般空調(diào)的能耗大是肯定的，但應(yīng)大的有依據(jù)。當前，對凈化空調(diào)的節(jié)能設(shè)計迫在眉睫。

       若是一股腦地把設(shè)計參考材料指標作為估算冷負荷的統(tǒng)計源，其數(shù)據(jù)必然大很多。所以，有經(jīng)驗的設(shè)計人員應(yīng)相信自己的計箅，回訪自己的用戶，獲得真實的冷負荷指標。對于各種書籍中相互復(fù)制的冷負荷估算指標，應(yīng)該科學地理性對待，在工程設(shè)計初期估算造價時，可以參考，在施工深化階段，應(yīng)采用計算出的空調(diào)負荷選擇凈化機組設(shè)備。 目前有許多負荷計算的軟件，使計算變得相對容易，在應(yīng)用軟件或手工計算負荷時，設(shè)計人員應(yīng)了解凈化空調(diào)與一般空調(diào)負荷計算的不同點，在計算潔凈室負荷時應(yīng)把圍護結(jié)構(gòu)的參數(shù)做一調(diào)整。

      潔凈室的圍護結(jié)構(gòu)與一般空調(diào)的不同，它是在房子中套房子，外層房子就是土建結(jié)構(gòu)，套入內(nèi)層的房子是用符合潔凈室裝修要求的裝修材料建造的，這種裝修材料有快立墻板、輕鋼加人造板、輕鋼加經(jīng)噴涂的電解鋼板、還有彩鋼夾心復(fù)合板等。這種兩層圍護結(jié)構(gòu)建造成的潔凈室，其建筑負荷很小，當內(nèi)層材料的保溫性能好時（如彩鋼夾芯板），不透明圍護結(jié)構(gòu)引起的冷負荷可按穩(wěn)態(tài)傳熱計算（特別適合于手算），在一些特殊情況下甚至可以忽略不計。